Заместитель Председателя Правительства Московской области - министр экологии и природопользования Московской области
Первый заместитель министра
Отдел по обращению с отходами строительства, сноса зданий и сооружений, в том числе грунтов
Отдел по обращению с медицинскими отходами
Судебный отдел
Отдел правовой экспертизы
Отдел договорной работы
Отдел исполнения бюджета и отчетности
Отдел планирования и экономики
Отдел государственных закупок
Заместители министра
Отдел реабилитации водных объектов
Отдел безопасности опасных объектов и территорий
Отдел по ликвидации накопленного вреда окружающей среде
Северный отдел
Южный отдел
Западный отдел
Восточный отдел
Заместитель начальника Управления
Начальник управления
Отдел организации надзора и контроля за надзорной деятельностью
Отдел приема экзаменов на право управления самоходными машинами и выдачи удостоверений тракториста-машиниста
Отдел по надзору № 1
Отдел по надзору № 2
Отдел по надзору № 3
Отдел по надзору № 4
Отдел по надзору № 5
Отдел организации государственного охотничьего надзора и охотничьих ресурсов
Сектор оказания государственных услуг в области охоты
Отдел по надзору № 1
Отдел по надзору № 2
Отдел по надзору № 3
Начальник Управления
Отдел лицензирования полезных ископаемых
Отдел геологической информации
Отдел лицензирования подземных вод
Ведомства прямого подчинения министру
Территориальные отделы